Le nitrate reste le principal élément déclassant dans les eaux wallonnes. Sur la période 2016 - 2019, les concentrations moyennes en nitrate les plus élevées (supérieures à 40 mg NO3-/l) étaient observées dans les masses d’eau souterraine (MESO) qui sont soumises à des pressions agricoles importantes : Sables du Thanétien des Flandres (Comines-Warneton), Craies de la vallée de la Deûle, Sables du Thanétien de Rumes-Brunehaut, Sables bruxelliens des bassins Haine et Sambre, Sables et Craies du bassin de la Mehaigne et Crétacé du bassin du Geer.
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Pour le secteur agricole, le Programme de Gestion Durable de l’Azote (PGDA) est mis en place depuis 2001. Il offre des outils pour améliorer la gestion de l’azote et réduire les pressions sur l’environnement.
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Les concentrations en nitrate dans les eaux souterraines sont stables depuis le début des années 2000 dans la plupart des masses d’eau, et diminuent dans une petite partie d’entre elles. Seule le Crétacé de la Hesbaye a une tendance à la hausse sur la période.
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Cette situation a priori encourageante est liée en partie à l’évolution des pratiques agricoles (réduction des apports d’engrais azotés). Le degré de contamination des nappes dépend par ailleurs d’autres facteurs difficilement maîtrisables, tels que la pluviosité, le temps de transfert du nitrate vers les nappes (qui peut dépasser 15 ans) ou la quantité d’azote encore présente dans les sols.
Pour autant, la qualité nécessaire selon les attentes de l'Union européenne est loin d'être atteinte. Et ce, malgré les différents plans de gestion des nitrate mis en oeuvre en Wallonie depuis les années 1990. Face à une politique de l’eau qui semble tourner en rond, on assiste de façon croissante à une fuite en avant qui se matérialise notamment avec le report des échéances pour la reconquête de la qualité des eaux brutes des captages en 2027.
La bonne qualité de l’eau du robinet dissimule l’état préoccupant de la ressource en eau et ses conséquences environnementales et économiques. La pollution agricole due aux nitrate reste la première cause de non-conformité mais les pratiques évoluent lentement. Pourtant, des aides économiques sont disponibles pour les agriculteurs qui s'engagent en ce sens, mais les incitations financières destinées à les aider à réduire leurs intrants souffrent d’une modulation insuffisante et de leur volatilité au cours du temps.